Dalam rangka menjalin kerjasama relasi antar instansi, Fakultas Agama Islam telah melakukan kerjasama dengan beberapa instansi, baik pemerintahan maupun swasta. Diantaranya adalah:
1. BAMUIS BNI – FAI UMJ
2. Badan Penasihatan Pembinaan dan Pelestarian Perkawinan (BP4) DKI Jakarta
3. Pengadilan Agama Jakarta Selatan
4. Badan Amil Zakat Nasional (BAZNAS)
5. MAN 01 Tangsel
6. MAN 4 Jakarta
7. MAN 7 Jakarta
8. MAN 11 Jakarta
9. MAN 19 Jakarta
10. MAN 22 Jakarta
11. MA Khazanah Kebajikan
12. MTs 02 Bekasi
13. MIN 1 Tangsel
14. MI Hayatul Islamiyah Cinangka
15. MI Pembangunan UIN Jakarta.
